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J'étais ravi de partager ce vendredi avec vous, j'espère que cette semaine dans l'unité 1137 IAME (iame-research.center) vous a intéressé ! Bon week-end, Antoine.
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Vous aurez aussi compris aux nombreux points d'interrogation que j'ai besoin d'aide. Je compte sur Lucile Vigué dont vous avez suivi la journée mercredi !
Nous espérons avec cette méthode mettre à jour des traits particuliers du génome du HIV et peut être proposer une généralisation de cette méthode à d'autres génomes. Ces travaux en sont à un stade plus que préliminaire et il est possible que cela ne marche pas du tout !
"Le vivant malgré sa grandeur parle un tout petit alphabet" Changement d'ambiance à nouveau pour l'après midi, je compte des k-mers ... (Regarder défiler les chiffres et les lettres, c'est en quelque sorte une variante des vaches qui regardent passer les trains.)
@FrancoisBerdou Nous attendons avec impatience la généralisation des R10.4 avec chimie 14 !
Après avoir répondu à une bonne quantité de mails (je vous épargne une photo illustrative), je me suis rendu dans un de nos laboratoires L2 qui héberge deux séquenceurs très différents et très complémentaires, le MiniSeq d'Illumina et le GridION d'Oxford Nanopore.
@borde_celine @rrwick J'ajoute qu'il ne s'agit pas vraiment ici de mapper des reads illumina sur un assemblage nanopore (comme pourrait le faire l'outil Pilon ) mais plutôt de résoudre les incertitude du graph de De Bruijn généré par l'assemblage des shorts reads à l'aide des long reads.
@borde_celine Bonjour, Nous utilisons Unicycler (github.com/rrwick/Unicycl…), une méthode / wrapper développé par l'excellent @rrwick. Son outil graphique Bandage est ensuite très pratique pour visualiser l'assemblage et arranger manuellement les dernières incertitudes qui peuvent subsister.
@MaximeL17503021 Le QC de la flowcell était bon ?
"And now, for something completely different" (Monty Python's, 1971) Préparation des ED de biochimie pour mes étudiants de PASS (Parcours Accès Santé Spécifique, ex-PACES, ex-PCEM1, souvent appelée à tort première année de médecine ou tout simplement P1)...
@MaximeL17503021 Bonjour, Il s'agissait du kit de 'Ligation Sequencing' (SQK-LSK109 pour les intimes). Le problème vient sans doute de la flowcell utilisée qui est une Flongle assez ancienne avec peu de pores encore actifs.
Notre dernier séquençage n'a pas fonctionné comme prévu et je suis entrain d'essayer de comprendre pourquoi les reads produits sont d'aussi mauvaise qualité (nous pensons à un réactif ou à un consommable un peu trop vieux) ...
C'est la conjonction des deux qui nous permet d'obtenir des séquences de génomes bactériens de bonne qualité.
Bonjour à toutes et à tous, je suis Antoine Bridier-Nahmias, et je vais animer le compte aujourd'hui tout au long de la journée. "Pour bien faire, il faut bien commencer" (Mary Poppins) Voici donc comment bien commencer...
Traverser Paris sur son axe nord-sud à vélo permet de voir de jolies choses le matin et le soir. Bon, le prochain tweet aura une teneur plus scientifique, c'est promis !
La réponse est de 5600 colonies (à quelque colonies prêt)
Évidemment je n’isole pas unique sur 1 gélose mais sur 60 ! D’après vous combien de colonies il y a-t-il sur la gélose ?
Voici les résultats obtenue lors d’une précédente expérience. Sans rentrer dans les détails, le pool de bactéries (donneuse et notre souche d’intérêt) est isolé sur une milieu avec deux antibiotiques permettant de sélectionner seulement notre souche d’intérêt ayant un transposon.
C’est tout pour moi ! J’espère avoir réussi à vous partager ma journée Je vous laisse avec une photo d’une partie de mon équipe 🍻🍻
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